دخل حرّاس السجن السّعودي على الشيخ نمر النمر وأبلغوه أنه سيعدم بعد دقائق. فقام الشيخ نمر النمر للصلاة وبدأ بقوله “لا لإله إلا الله” فاستعجل الحراس الشيخ نمر النمر كي ينهي صلاته، لأنهم مضطرون لتنفيذ الإعدام بسرعة.وفي لحظة الإعدام السريعة، صرخ الشيخ نمر النمر “لبيك يا حسين”، وكانت اللحظة التي تم فيها تنفيذ الإعدام وفارق على الفور الحياة الشيخ النمر.
وقرّرت السلطات تسليم جثمانه لأهله ودفنه على الفور، فيما كانت منطقة القطيف في السعودية تشتعل والأهالي يتدفقون من القرى الى القطيف فور اعلان نبأ استشهاد الشيخ نمر النمر.